Gli Animatrix sono dei corti animati realizzati da alcuni tra i più noti creatori di anime giapponesi, che raccontano storie collegate alle vicende del mondo di Matrix, tanto che alcuni di essi sono stati sceneggiati proprio dagli stessi fratelli Wachowski. 

Utilizzando anche il compositore Don Davis e le voci di Keanu Reeves e Carrie Ann Moss, gli Animatrix sono un importante tassello della storia di Matrix, che chiarisce alcuni aspetti affrontati frettolosamente nel film. "Osiris" è l'antefatto all'inizio di Matrix reloaded, mentre i due "Secondo rinascimento" raccontano tutte le tappe dello scontro tra gli uomini e le macchine che ha portato alla fine del genere umano, ridotto a fare la scorta energetica.

Ecco i vari episodi:

L'ultimo volo della Osiris (9'21'')

Realizzato dalla Square che già aveva stupito con le animazioni di Final Fantasy, questa storia è il preludio all'inizio di Matrix Reloaded. Infatti si racconta come Zion sia stata avvisata dell'inizio dell'attività delle macchine per scavare nella roccia fino ad arrivare all'ultima città degli uomini. La computer grafica di questo corto è a dir poco sensazionale

Il secondo rinascimento parte I (8'57'') e parte II (9'06'')

Sceneggiati da Andy e Larry Wachowski, questi due episodi raccontano la nascita delle prime macchine con intelligenza artificiale e la degenerazione dello scontro con gli uomini fino alle estreme conseguenze della guerra che ha condotto l'umanità a diventare schiava delle macchine.

Storia di un ragazzo (9'21'')

Ultimo ad essere sceneggiato dai fratelli Wachowski, il corto racconta la storia del giovane che "importuna" Neo in Matrix Reloaded. Con uno stile di disegno notevolmente diverso dai primi corti, viene spiegato come il ragazzo riesca a liberarsi da Matrix con la sua stessa volontà.

Il programma (7'01'')

All'interno di un programma di simulazione viene effettuato un terribile test per scoprire la fedeltà dei ribelli a Zion.

Record del mondo (8'25'')

Per certi versi simile a "Storia di un ragazzo", anche qui si racconta di un uomo che riesce a liberarsi dalla schiavitù di Matrix con la propria volontà.

Aldilà (12'30'')

Interessante corto che affronta il tema di una possibile anomalia nel sistema che viene corretta dagli agenti.

Detective Story (9'31'')

Uno dei migliori episodi del dvd. Raccontato con uno stile in bianco nero molto particolare, affronta le vicende di un investigatore privato che deve trovare Trinity.

Immatricolato (15'40'')